の順です。

　予選4番手のタイムを出したミハエル・シューマッハーはエンジン交換のペナルティにより14番グリッドからのスタート。また予選後のエンジン交換により、ラルフ・シューマッハー（予選10番手）とフェリペ・マッサ（予選16番手）は最後尾スタートのペナルティが与えられ、カーナンバーの若い方から順にそれぞれ21、22番手が確定。予選前にエンジンを交換したデイビッド・クルサード(予選11番手)とルーベンス・バリチェロ(予選12番手)はそれぞれ19、20番手とペナルティ加算後からグリッドが繰り上がった。これにより佐藤琢磨は17番グリッド、井出有治は18番グリッドから決勝に挑むこととなった。

　雨模様が心配される曇り空の下、気温33度、路面温度36度、湿度62％というコンディションでマレーシアGPの決勝が、午後3時（現地時間）からスタート。各車一斉に1コーナーに飛び込む中、7番グリッドからスタートした、フェルナンド・アロンソが4台抜きを果たし一気に3番手に浮上した。
　 しかし、その後方ではクリスチャン・クリエンが左フロントタイヤ破損のため緊急ピットイン。クリエンはその後ピットで修復して再走を果たしている。すると今度はキミ・ライコネンがターン5でいきなりクラッシュ！　ライコネンは1周も走行することなくリタイアとなった。

　オープニングラップを終えてトップ10はジャンカルロ・フィジケラ、ジェンソン・バトン、アロンソ、マーク・ウェーバー、ファン-パブロ・モントーヤ、ニック・ハイドフェルド、ニコ・ロズベルグ、ヤルノ・トゥルーリ、ジャック・ビルヌーブ、M.シューマッハーという順位となった。

　レース序盤は、フィジケラが周回を重ねる度にファステストラップを連発し、6周目にはバトンとの差を3.4秒に拡げていった。また7番手を走行していたロズベルグがエンジントラブルにより、白煙と火を噴きながらターン8にストップ。3番グリッドからスタートし、好成績が期待されたロズベルグだったがリタイアという結果に終わった。
　 それとは対照的に14番グリッドからスタートしたM.シューマッハーは、10周目にビルヌーブ、13周目にはトゥルーリをパスして7番手に浮上することに成功した。
　 14周目になると、4番手を走行していたウェーバーが1回目のピットイン。ウェーバーはその後コースに復帰するも、その3周後にはギヤボックス付近から白煙を挙げトラブルに見舞われ、僚友ロズベルグと同様に走行を断念しリタイアに終わった。
　 このあたりから他のマシンもピットインを行う。17周目にフィジケラと井出、19周目にバトン、20周目に琢磨、23周目にモントーヤ、M.シューマッハーが1回目のピットインを行った。

　20周目あたりから、心配されていた雨が降り始めてくる。しかし雨はすぐに止みレースに影響は出なかった。

　レースの半分を終えた28周目のトップ10はフィジケラ、バトン、アロンソ、マッサ、モントーヤ、ハイドフェルド、M.シューマッハー、ルーベンス・バリチェロ、ビルヌーブ、トゥルーリという順位。フィジケラとバトンの差は9.1秒。その後方3番手を走るアロンソとの差は約16秒となり、フィジケラは独走状態を築いていった。
　 29周目になると21番手からスタートし、後方から少しづつ順位を上げていた、1ストップ作戦のマッサがピットイン。マッサはポイント圏内の7番手でレースに復帰することに成功。

　レースも終盤に突入し、残り15周のところでトップを走行していたフィジケラと、2番手のバトンが同時に2回目のピットイン。その間、まだ1回しかピットストップを行っていないアロンソがトップとなり、フィジケラは2番手、バトンはモントーヤの後ろの4番手でコースに復帰した。
　 その2周後、トップを走行していたアロンソも2回目のピットイン。3番手を走るバトンとの間隔が注目されるアロンソは6.4秒と素早いピット作業でバトンの前に出ることに見事成功。これによりルノーはワンツー態勢を築いた。

　レースはその後もフィジケラ、アロンソ、バトンのトップ3は変わらず進む。フィジケラは好調な走りを見せ、2番手アロンソとの差は8.3秒、その後方バトンとの差は14.2秒とトップをひた走る。48周目になるとそれまで5番手を走行していたハイドフェルドがエンジンブロー。ハイドフェルドはそのままリタイアとなり、フェラーリのマッサとM.シューマッハーはそれぞれ5番手、6番手に順位を上げた。
　 レースはそのままフィジケラが独走を続けトップでゴールし、昨年のオーストラリアGP以来となる通算3勝目を挙げた。2位はアロンソ、3位バトン、4位モントーヤ、5位マッサ、6位M.シューマッハー、7位ビルヌーブ、8位R.シューマッハー、9位ヤルノ・トゥルーリ、10位バリチェロというトップ10だった。
　 またスーパーアグリの佐藤琢磨はバーレーンに続いて完走を果たして14位。井出有治は36周目のターン11でマシンのメカニカルなトラブルによりストップし、そのままリタイアに終わった。